Die Geschichte spielt ca 10 Jahre nach Yu-Gi-Oh 5D's. Nicht nur dass Duellsystem, sondern auch die KArten wurden komplett erneuert. Selbst eingefleischte Fans werden keine Karte wiedererkennen. Alles ist neu, alles ist anders, aber wird besser.
Vor vielen tausend Jahren wurde die Welt Gaya von acht Göttern erschaffen. Jeder Gott nahm sich ein Teil des Planeten und formte ihn nach seinen Vorstellungen. Danach erschuf jeder Gott seine eigenen Geschöpfe und gab ihnen die Herrschaft über den Teil ihres Planeten.